Égetés során a hulladék nem vész el, csak átalakul: salak, pernye, füst (és energia) lesz belőle. A kéményeken át távozó füstöt alkotó részecskék a levegőből kiülepedve a talajba, a növények leveleire, vagy az élővizekbe kerülnek, a hulladék többi alkotója pedig beépül a salakba, illetve a  füstgáztisztítóból kikerülő sószerű anyagokba. Ez utóbbiak, mivel veszélyes hulladéknak minősülnek, jó esetben zárt lerakóra kerülnek.
A hulladékégető tűzterében egyrészről felszabadulnak a hulladékban kötött formában jelen levő mérgező komponensek, másrészről a gyakorlatilag ellenőrizhetetlen kémiai folyamatok során új, gyakran súlyosan mérgező vegyületek keletkeznek.
A kéményből távozó füstgáznak még a pontos összetétele sem ismert, s csak néhány alkotó (pl. dioxinok, egyes nehézfémek) hatásairól készültek eddig tudományos igényű tanulmányok. Közismert tény azonban, hogy a keletkező kén-dioxid és a nitrogén-oxidok  a savas esők keletkezésében, a szén-dioxid a globális felmelegedésben játszik nagy szerepet.
A szerves (egyébként komposztálható) anyagok égetésekor keletkező poliaromás szénhidrogének (PAH-ok) az élőlények bőrére, szervezetébe, illetve tüdejébe jutva rákot okozhatnak, s a legújabb kutatások igazolták génkárosító hatásukat is.
A dioxinok elsősorban a műanyagok égetése során keletkező, klórtartalmú szerves vegyületek, melyek a természetben nem fordulnak elő, ám igen stabil, nehezen lebomló vegyületek. Legveszélyesebb tulajdonságuk, hogy zsírban jól oldódnak, így a zsírszövetben és az anyatejben halmozódnak föl, illetve közvetett úton bekerülhetnek a tehéntejbe, sajtokba és a vajba is. Jellegzetes mérgezési tünet az ún. klórakne, a 2004 szeptemberében megmérgezett Viktor Juscsenko arcát is ez torzította el. Az emberi szervezetre kifejtett káros hatásuk igen sokrétű: megzavarják a hormonrendszer normális működését, rosszindulatú daganatok kifejlődését idézik elő többek között a kötő-, és támasztószövetekben, a tüdőben és a májban, valamint megnövelik a veleszületett fejlődési rendellenességek (farkastorok, nyúlajak, szemfejlődési zavarok) kialakulásának esélyét. Veszélyességük miatt célirányos gyártásuk és a velük való kereskedelem  az ún. Stockholmi Konvenció értelmében számos országban tilos.
A szilárd anyagok por és pernye formájában távoznak a rendszerből, közülük különösen a nehézfémeket tartalmazó porok okozhatnak komoly egészségkárosodást. A higany gátolja egyes létfontosságú enzimek működését, károsítja a veséket, a vér-agy gáton áthatolva elpusztítja az agysejteket, s az anya véréből a méhlepényen keresztül a magzatba jutva fejlődési rendellenességet okozhat, míg a kadmium belélegezve a tüdőt, lenyelve az emésztőrendszert, majd a májat károsítja.
Az füstgázban található, amúgy veszélytelen részecskék apró méretük miatt jelentenek komoly problémát, hiszen felületükön a fent említett szerves és szervetlen szennyezők kitűnően meg tudnak tapadni, s így, a porszemcséken „utazva” az égetőtől távolabbi területekre is eljuthatnak.